UEA havas iom komplikan strukturon. Tio estas la rezulto de kompromiso el la jaro 1933, kiam la malnova UEA — kiu havis nur individuajn membrojn — fariĝis tegmenta organizaĵo por la landaj asocioj. Tiuj du strukturoj nun ekzistas unu apud la alia, kaj ambaŭ ludas gravan rolon.

UEA havas 70 aliĝintajn landajn asociojn, el ĉiuj kontinentoj. La landaj asocioj devas esti "laŭorde organizitaj kaj vaste malfermitaj al la civitanoj de sia lando", kaj devigas sin respekti la Statuton kaj regularojn de UEA. Ili devas havi minimume 25 membrojn kaj montri konstantan aktivecon por Esperanto. La membroj de la aliĝintaj landaj asocioj estas "aligitaj" membroj de UEA, krom se ili rekte aliĝas al UEA kiel individuaj membroj. Aligita membreco estas esence simbola.

En 2010 UEA havis 5288 individuajn membrojn en 120 landoj. La kotizoj de la individuaj membroj konsistigas ĉ. 45% de la enspezoj de UEA; esence, do, ili ebligas la ekziston kaj funkciadon de la Asocio.

La individuaj membroj de UEA kiuj aĝas malpli ol 30 jarojn, estas samtempe kaj aŭtomate membroj Tutmonda esperantista Junulara Organizo (TEJO), la junulara sekcio de UEA.

Krom landaj asocioj, ankaŭ Fakaj Asocioj rajtas aliĝi al UEA, se ili estas neŭtralaj (rilate al politiko, religio ktp.), internacie aktivaj, vaste malfermitaj al civitanoj de ĉiuj landoj, kaj havas almenaŭ 25 membrojn. UEA havas 6 aliĝintajn fakajn asociojn. Krome, 33 aliaj fakaj asocioj, neŭtralaj kaj neneŭtralaj, subskribis kontrakton pri kunlaboro kun UEA.

UEA havas malfermitan, demokratian gvidstrukturon. Ĉiuj aliĝintaj asocioj kaj individuaj membroj estas reprezentataj tie. La grandaj distancoj tamen kunportas problemojn de komunikado kaj partopreno, kiujn ĉiu aktivulo spertas.

La supera gvidorgano de UEA estas la Komitato. Iusence ĝi estas la "parlamento" de la Esperanto-movado. Ĝi estas elektata ĉiun trian jaron (2010, 2013, ...). La Komitato kutime kunsidas nur unufoje jare, dum 9-12 horoj, kadre de la Universala Kongreso.

La strukturo de la Komitato spegulas strukturon de UEA kiel tuto. Estas tri specoj de Komitatanoj:

Ĉiu aliĝinta landa aŭ faka asocio kun pli ol 100 membroj rajtas elekti unu Komitatanon A; asocioj kun pli ol mil membroj rajtas elekti unu plian komitatanon por ĉiu komencita milo da membroj. Aldone, TEJO elektas du komitatanojn (temas entute pri ĉ. 60 Komitatanoj A). La individuaj membroj rajtas elekti unu Komitatanon B por ĉiu komencita milo da individuaj membroj (en 2010 estis elektitaj 6 Komitatanoj B).

La Komitatanoj A kaj B rajtas elekti pliajn Komitatanojn C ĝis kvarono de sia propra nombro (t.e. ĉ. 14 Komitatanoj C). La ideo estas, ke tiuj estu homoj speciale aktivaj aŭ spertaj pri la agado de UEA. Ĉiuj komitatanoj A, B, C estas egalrajtaj inter si; la litero indikas nur la manieron de elektiĝo. La landaj asocioj kun malpli ol 100 membroj elektas observanton, kiu rajtas paroli sed ne voĉdoni en la kunsidoj de la Komitato.

Ĉar la Komitato kunsidas nur unufoje jare, ĝi elektas pli malgrandan grupon de komitatanoj, kiu okupiĝas pri la tutjara gvidado de la Asocio. Kutime temas pri sep homoj, inkluzive de la Prezidanto, unu aŭ du Vicprezidantoj, kaj Ĝenerala Sekretario. Ĉiu estrarano respondecas pri difinita parto de la agado de UEA. La Estraro kutime kunsidas dufoje jare, kaj la Prezidanto kaj Ĝenerala Sekretario vizitas la Oficejon de UEA unu aŭ du pliajn fojojn dum la jaro.

La Komitato kaj la Estraro rajtas taski homojn (ne nur komitatanojn) pri aparta laborkampo. UEA kutime havas kelkajn komisionojn (ekzemple pri la Belartaj Konkursoj) kaj dudekon da komisiitoj (ekzemple pri infanaj aferoj, turismo, Unuiĝintaj Nacioj k.m.a.).

Nek komitatanoj nek estraranoj nek komisiitoj ricevas salajron aŭ honorarion pro sia laboro. Estraranoj kaj komisiitoj povas ricevi kompenson pro korespond- kaj vojaĝkostoj.